Acreditación de Programas
Primer modelo del Sineace (2009)
El primer Modelo de Calidad para la Acreditación de las Carreras Profesionales Universitarias elaborado por el Sistema Nacional de Evaluación, Acreditación y Certificación de la Calidad Educativa, fue diseñado como instrumento para la mejora de la calidad de las carreras universitarias, con base en el enfoque sistémico y aplicando en cada uno de los procesos el ciclo de Deming. Es publicado el 13 de enero del 2009.
Cumpliendo con los estándares de este primer modelo, cinco carreras profesionales de la UNMSM lograron su acreditación nacional.

Modelo del Sineace (2016)
Luego de la promulgación de la Ley Universitaria n.° 30220, el Sineace revisa el primer modelo y plantea cambios significativos en la concepción de la evaluación de la calidad educativa, así como en la formulación de los estándares, buscando su correspondencia con modelos internacionales. Es así que, en octubre del 2016, publica el nuevo Modelo de Acreditación para Programas de Estudios de Educación Superior Universitaria.
En el 2019, al culminar sus procesos de autoevaluación, programas de pregrado y posgrado de la Universidad se presentan a la Evaluación Externa, para obtener el sello de calidad del Sineace; lo que sucede en abril del 2020 para el caso de nueve escuelas profesionales, tres maestrías y un doctorado.


Luego de concluir la declaratoria de Emergencia Sanitaria a nivel nacional por la existencia de la Covid-19, los programas de estudios retoman paulatinamente sus procesos de autoevaluación bajo el modelo de acreditación nacional del 2016.
Primero fue la Escuela Profesional de Ingeniería de Minas, que en setiembre del 2024 se presenta a la Evaluación Externa, y en junio del 2025 recibe la resolución de Acreditación Nacional por el periodo de seis años.
Ese mismo mes, la Escuela Profesional de Ingeniería Geológica presenta su Informe Final de Autoevaluación, luego pasa la Evaluación Externa en setiembre, y en diciembre del 2025 es acreedora a la Acreditación Nacional, también por seis años.

Reconocimiento de acreditaciones internacionales
Procedimiento por el cual el Sineace reconoce temporalmente las acreditaciones otorgadas por agencias extranjeras a instituciones educativas o programas de estudio y por el periodo de su vigencia, como resultado de la evaluación de los procesos y modelo de la agencia acreditadora extranjera, respecto de los establecidos por el Sineace, configurándose como el logro de la acreditación nacional, de conformidad con el Reglamento para el reconocimiento de acreditaciones otorgadas a instituciones y programas de estudios de educación superior y técnico productiva (Resolución del Consejo Directivo n.° 000028-2021-SINEACE/CDAH).
En marzo del 2025, la Escuela Profesional de Medicina Humana logra el reconocimiento de la acreditación otorgada por el Consejo Mexicano para la Acreditación de la Educación Médica (COMAEM), y en junio las Escuelas Profesionales de Contabilidad, Gestión Tributaria, y Auditoría Empresarial y del Sector Público de las acreditaciones que obtuvieron con el sello de la Accreditation Council for Business Schools and Programs (ACBSP); de tal modo que son cuatro las carreras profesionales de la Universidad que cuentan con doble acreditación.

Resoluciones
- Resolución n.° 029-2014-COSUSINEACE-P - EP Ingeniería Industrial
- Resolución n.° 129-2015-SINEACE-CDAH-P - EP Farmacia y Bioquímica
- Resolución n.° 088-2016-SINEACE-CDAH-P - EP Enfermería
- Resolución n.° 134-2017-SINEACE-CDAH-P - EP Medicina Veterinaria
- Resolución n.° 164-2017-SINEACE-CDAH-P - EP Nutrición
- Resolución n.° 064-2020-SINEACE-CDAH-P - EP Medicina Humana
- Resolución n.° 063-2020-SINEACE-CDAH-P - EP Administración
- Resolución n.° 066-2020-SINEACE-CDAH-P - EP Administración de Turismo
- Resolución n.° 068-2020-SINEACE-CDAH-P - EP Administración de Negocios Internacionales
- Resolución n.° 071-2020-SINEACE-CDAH-P - EP Bibliotecología y Ciencias de la Información
- Resolución n.° 195-2020-SINEACE-CDAH-P - EP Trabajo Social
- Resolución n.° 264-2020-SINEACE-CDAH-P - EP Contabilidad
- Resolución n.° 276-2020-SINEACE-CDAH-P - EP Gestión Tributaria
- Resolución n.° 271-2020-SINEACE-CDAH-P - EP Auditoría Empresarial y del Sector Público
- Resolución n.° 268-2020-SINEACE-CDAH-P - Maestría en Ingeniería de Sistemas e Informática
- Resolución n.° 259-2020-SINEACE-CDAH-P - Maestría en Gestión de la Información y el Conocimiento
- Resolución n.° 265-2020-SINEACE-CDAH-P - Maestría Prof. Gobierno de la Tecnologías de la Información
- Resolución n.° 266-2020-SINEACE-CDAH-P - Doctorado en Ingeniería de Sistemas e Informática
- Resolución n.° 000030-2025-COSUSINEACE - Reconocer acreditación Comaem de Medicina Humana
- Resolución n.° 000064-2025-COSUSINEACE - EP Ingeniería de Minas
- Resolución n.° 000076-2025-COSUSINEACE - Reconocer acreditación ACBSP de Auditoría Emp. y Sector Público
- Resolución n.° 000077-2025-COSUSINEACE - Reconocer acreditación ACBSP de Contabilidad
- Resolución n.° 000078-2025-COSUSINEACE - Reconocer acreditación ACBSP de Gestión Tributaria
- Resolución n.° 000165-2025-COSUSINEACE - EP Ingeniería Geológica
